Στις αρχές του 1825, η επανάσταση διέτρεχε σοβαρό κίνδυνο, λόγω των πολλαπλών επιτυχιών του Ιμπραήμ στην Πελοπόννησο, αλλά και της φυλάκισης κορυφαίων παραγόντων της Πελοποννήσου, όπως ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης. Ο Παπαφλέσσας, που ανησυχούσε ιδιαίτερα για την πορεία του Αγώνα, στα μέσα Μαΐου κατέλαβε την ανατολική πλευρά του όρους Μάλα, στο Μανιάκι της Μεσσηνίας. Ο Ιμπραήμ κίνησε πολύ γρήγορα εναντίον του με 6.000 πεζούς και ιππείς. Ο Παπαφλέσσας μπόρεσε να παρατάξει μόλις 1.300 άνδρες. Στην όψη των αιγυπτιακών στρατευμάτων στις 19 Μαΐου, αρκετοί Έλληνες φοβήθηκαν και αρνήθηκαν να πολεμήσουν. Τελικά, η ελληνική πλευρά απαριθμούσε μετά βίας 600 άνδρες. Η μάχη ξεκίνησε το πρωί της 20ης Μαΐου 1825 και διήρκεσε περίπου οκτώ ώρες. Παρά τη γενναία προσπάθεια των λιγοστών Ελλήνων να αμυνθούν, η αντίστασή τους κάμφθηκε με σχετική ευκολία, λόγω της τεράστιας αριθμητικής υπεροχής των αντιπάλων. Σχεδόν όλοι οι Έλληνες σκοτώθηκαν· ανάμεσά τους και ο ίδιος ο Παπαφλέσσας. Όταν κατέφθασαν ενισχύσεις ήταν πλέον αργά. Ο Ιμπραήμ στη συνέχεια ολοκλήρωσε την κατάληψη της Μεσσηνίας, με την πυρπόληση της Καλαμάτας, και έπειτα στράφηκε κατά της Τριπολιτσάς, την οποία κατέλαβε στις 11 Ιουνίου 1825.