Στα τέλη του 1827 η Επανάσταση στην Κρήτη, παρά τις προσπάθειες των Ελλήνων, είχε σχεδόν σβήσει. Οι Οθωμανοί κυριαρχούσαν, ενώ οι αρχηγοί στο ελληνικό στρατόπεδο αδυνατούσαν να συμφωνήσουν ώστε να κινηθούν συντονισμένοι. Το 1828, μετά την άφιξή του, ο Καποδίστριας έδωσε εντολή να διερευνηθεί η κατάσταση στην Κρήτη, αν το στρατόπεδο μπορούσε να υπερασπιστεί την περιοχή και τί ανάγκες υπήρχαν. Εντωμεταξύ, επικεφαλής των ελληνικών δυνάμεων της Κρήτης είχε τεθεί ο Χατζημιχάλης Νταλιάνης, ο οποίος έφτασε τον Μάρτιο του 1828 στο Φραγκοκάστελλο. Στην συνέχεια, ο Μουσταφά Πασάς, ο οποίος ήταν υπεύθυνος για το διαμέρισμα των Χανίων, απαίτησε με τελεσίγραφο την αποχώρηση του Νταλιάνη. Στις 18 Μαΐου, μετά από επίθεση των Ελλήνων στους Τούρκους του Ρεθύμνου (8 Μαΐου), ο Μουσταφά Πασάς ξεκίνησε με στρατό εναντίον τους. Παρά την αντίστασή τους, ο Πασάς σημείωσε επιτυχία στην επίθεσή του, και προκάλεσε στους Έλληνες σημαντικές απώλειες. Ανάμεσα σε αυτές ήταν και ο ίδιος ο Χατζημιχάλης Νταλιάνης. Όσοι είχαν κλειστεί στο Κάστρο συνέχισαν την αντίσταση, μέχρι που λύθηκε η πολιορκία στις 24 Μαΐου.