Το 1789 ξεκινά μια σειρά συγκρούσεων ανάμεσα στους Σουλιώτες και τον Αλή Πασά, νέο πασά των Ιωαννίνων, ο οποίος είχε επεκτατικές βλέψεις. Εμπόδιο στα σχέδιά του αποτελούσε η κοινότητα των Σουλιωτών που είχε εξελιχθεί σε ένα ισχυρό τοπικό κέντρο εξουσίας. Στις δύο πρώτες εκστρατείες του το 1789 και το 1792 οι έμπειροι πολεμικά Σουλιώτες αντιστέκονται σθεναρά, με αποτέλεσμα ο Πασάς να κατατροπωθεί και να αναγκαστεί να υπογράψει συνθήκη. Ιδιαίτερα σημαντικό ρόλο στην πρώτη νίκη των Σουλιωτών έπαιξε η βοήθεια που είχαν από τοπικούς πασάδες και μπέηδες που αντιμετώπιζαν εχθρικά τον Αλή Πασά, ενώ στην δεύτερη επίθεση διακρίθηκε η γυναίκα του Λάμπρου Τζαβέλλα Μόσχω, η οποία ήταν επικεφαλής των Σουλιωτισσών. Παρά τις πρώτες ήττες του, το 1800 ο Αλή Πασάς θα εκστρατεύσει και πάλι εναντίον των Σουλιωτών, αυτή τη φορά με σουλτανική διαταγή, και θα αποκλείσει το Σούλι, με αποτέλεσμα οι Σουλιώτες να μην αντέξουν και να υποκύψουν το 1803. Θα αναγκαστούν να εγκαταλείψουν τα χωριά τους και να καταφύγουν στα γειτονικά Επτάνησα.