Ο Καραϊσκάκης, ο οποίος είχε τεθεί επικεφαλής του στρατού της Ανατολικής Στερεάς, δεν άργησε να έρθει σε αντιπαράθεση με τον Church και τον Cochrane που είχαν αναλάβει την ηγεσία του στρατού και του ναυτικού. Η διαφωνία τους σχετιζόταν με το πώς θα κινηθούν, με τους Άγγλους να επιμένουν στην αιφνιδιαστική και κατά μέτωπο επίθεση. Ο Καραϊσκάκης που πίστευε πως τα άτακτα σώματα δεν θα ήταν αποτελεσματικά στην στρατηγική που πρότειναν οι Άγγλοι, και πως αυτή θα είχε αντίθετα καταστροφικά αποτελέσματα, αναγκάστηκε να συμφωνήσει με το σχέδιο να ξεκινήσουν από τους Τρεις Πύργους προς την Ακρόπολη, καθώς ο Cochrane απειλούσε να εγκαταλείψει την χώρα. Την 21η Απριλίου, σε μια συμπλοκή μεταξύ της Καστέλας και των εκβολών Κηφισού και Ιλισού, ο Καραϊσκάκης δέχεται χτύπημα και τραυματίζεται σοβαρά. Θα πεθάνει δύο μέρες αργότερα, στις 23 Απριλίου.