Οι συγκρούσεις του ρωσικού κόμματος με το νέο Βασιλιά άρχισαν πολύ σύντομα μετά την άφιξή του. Ένα από τα κύρια ζητήματα ήταν το θρησκευτικό, με το ρωσικό κόμμα να πιέζει να ασπαστεί ο προτεστάντης Βασιλιάς την ορθοδοξία, αλλά και να αντιπροσωπεύεται το κόμμα στη διοίκηση. Οι πιέσεις και οι διαμάχες θα έχουν όμως το αντίθετο αποτέλεσμα. Το ρωσικό κόμμα δεν θα έχει καμία εκπροσώπηση στο υπουργικό συμβούλιο, και ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης δεν θα αναγνωριστεί ως στρατιωτικός διοικητής. Παράλληλα, ο Κολοκοτρώνης είχε αναπτύξει αλληλογραφία με τον Ρώσο Υπουργό Εξωτερικών Nesselrode σχετικά με το εκκλησιαστικό ζήτημα, γεγονός που οδήγησε σε φόβους για εξέγερση του ρωσικού κόμματος. Ο Κολοκοτρώνης κατηγορείται έτσι για συνωμοσία εναντίον του Βασιλιά, και συλλαμβάνεται μαζί με το γιο του Γενναίο, τον Πλαπούτα και άλλους. Στη δίκη του Κολοκοτρώνη θα εμπλακούν και οι Μεγάλες Δυνάμεις. Τελικά ο Κολοκοτρώνης και ο Πλαπούτας θα κριθούν ένοχοι εσχάτης προδοσίας και θα καταδικαστούν σε θάνατο παρά την ηρωική άρνηση να υπογράψουν την απόφαση των δικαστών Α. Πολυζωίδη και Γ. Τερτσέτη. Η ποινή όμως εξαιτίας της κατακραυγής που ακολούθησε δεν εκτελέστηκε και μετατράπηκε σε εικοσαετή κάθειρξη. Μετά την ενηλικίωσή του, ο Όθωνας θα δώσει στον Κολοκοτρώνη χάρη.