Στη δεύτερη φάση της εμφύλιας διαμάχης (Ιούλιος 1824 – Ιανουάριος 1825), οι δύο αντίπαλες ομάδες ήταν διαφορετικές από αυτές της πρώτης φάσης. Στο ένα στρατόπεδο βρέθηκαν οι σημαντικοί προεστοί και στρατιωτικοί της Πελοποννήσου (Κολοκοτρώνης, Δεληγιάννης, Ζαΐμης, Λόντος), και στο άλλο οι νησιώτες (κυρίως Υδραίοι), που προσεταιρίστηκαν τους εμπειροπόλεμους Ρουμελιώτες για να επικρατήσουν. Η δεύτερη ομάδα (Κουντουριώτης) χρησιμοποίησε τα χρήματα του δανείου για να πληρώσει τους οπλαρχηγούς της Ρούμελης (Καραϊσκάκης, Γκούρας, Μακρυγιάννης, Σουλιώτες), οι οποίοι συνέτριψαν τους Πελοποννήσιους, διαπράττοντας απερίγραπτες καταστροφές και λεηλασίες. Ο Πάνος Κολοκοτρώνης δολοφονείται, και ο πατέρας του Θεόδωρος αποσύρεται συντετριμμένος στη Βυτίνα. Τελικά, οι νικητές «Κυβερνητικοί» θα φερθούν ξανά με αρκετή επιείκεια. Θα τους υποχρεώσει σε αυτό και η απόβαση του Ιμπραήμ που θα οδηγήσει σε δεύτερη αμνηστία και ανάθεση της αρχιστρατηγίας και πάλι στον Θ. Κολοκοτρώνη.